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Mostrando las entradas de abril, 2018

Máxima Verosimilitud: Un recorrido por su historia

Viviana Lizeth Ayus Ortiz El método de máxima verosimilitud fue propuesto por Fisher a principios del siglo pasado. Su base estadística fue introducida al campo de la filogenética por Edwards y Cavalli-Sforza hacia la década del 60. Sin embargo, no fue hasta Neyman, 10 años más tarde, cuando se propuso la inferencia de filogenias usando secuencias moleculares. La parte central de la inclusión de éste método estadístico a la inferencia filogenética es ¿Cómo debe ser llevado a cabo el cálculo? y en este sentido Felsenstein en (1981) propone cómo hacer el cálculo de verosimilitud teniendo un número moderado de secuencias nucleotídicas. El likelihood entendido como la probabilidad de los datos dada la hipótesis p(D|H) es un tipo de probabilidad condicional. A lo largo del tiempo se ha establecido que el likelihood tiene ciertas propiedades al aumentar los datos con los que se cuenta, estas son, consistencia (capacidad de converger al valor verdadero) y eficiencia (menor varianz...

Reconstrucción Filogenética a Partir de Máxima Verosimilitud

Leidy Pico Martínez Para los análisis de reconstrucción filogenética, encontrados dos métodos principales, los primeros utilizan distancias genéticas, como Neighbor-Joining (NJ) y Mínima Evolución, y los basados en caracteres, como es el caso de Máxima Parsimonia (MP), Máxima Verosimilitud (ML por sus siglas en inglés “Máximum Likelihood) e inferencia Bayesiana (IB). En los métodos basados en caracteres, ML y IB, se caracterizan por ser métodos probabilísticos y a diferencia de MP, tratan la inferencia filogenética como un problema estadístico, en el cual, se utilizan modelos de evolución molecular para llevar a cabo el cálculo de probabilidades ( Swofford et al 1996). El principio de Máxima Verosimilitud ha sido utilizando con mayor frecuencia por los biólogos sistemáticos para inferir filogenias. Este método fue desarrollado por Ronald Fisher y es definido como La probabilidad de la observación de datos cuando un parámetro es dado (Queiroz & Poe 2001). ¿en qué consisten ...

ENFOQUE GENERAL SOBRE MÁXIMA VEROSIMILITUD Y SU APLICACIÓN

Paulin Polanco Fontalvo Usualmente el concepto de máxima verosimilitud es entendido como un método probabilístico, desarrollado a partir de la sistemática molecular y que ha sido propuesto como una alternativa a la implementación de los métodos de parsimonia, en el análisis y construcción de filogenias. La máxima verosimilitud, usualmente hace referencia a la selección de un conjunto de datos, que explican una hipótesis y de la cual se debe someter a un proceso en el que se debe elegir el más acertado. A menudo, este enfoque estadístico se usa para analizar secuencias de ADN, las cuales se cree, evolucionaron con respecto a lo que muestra un árbol y las hipótesis se asumen con base en las métricas de dicho árbol. Dentro de la métricas asociadas a la construcción de árboles filogenéticos teniendo en cuenta el método de la máxima verosimilitud, se encuentra la topología de los árboles, los criterios del modelo de evolución, las longitudes de las ramas, nodos, entre otros. Estas mé...

Máxima Parsimonia

Leidy Rocío Pico M. A la hora de hablar de análisis filogenético existen diversos métodos y algoritmos computacionales, con los cuales podemos resolver una hipótesis evolutiva de un grupo específico, mediante la reconstrucción de un árbol filogenético; La Máxima Parsimonia fue uno de los primeros métodos y uno de los más utilizados para inferir filogenias (Falsenstein 2004). ¿En que consiste este método? En máxima parsimonia se busca la identificación de un árbol filogenético que implique el menor número de cambios evolutivos (transformación de un estado de carácter a otro) que se requieren para explicar determinada matriz de caracteres (Farris, 1970). La definición de este método esta basado en un trasfondo filosófico tomado de la argumentación filosófica de la navaja de Ockham, en la que se defiende que: cuando dos hipótesis proveen explicaciones igualmente válidas para un fenómeno determinado, debería elegirse siempre la más simple, posición referida a menudo como (Salemi et al...

Parsimonia: ¿Qué es?, Ventajas y desventajas

Viviana Lizeth Ayus Ortiz Dentro de los métodos que se han propuesto para inferir filogenias está el método de Parsimonia. Éste se basa en encontrar la filogenia en la cual los caracteres observados representen el menor cambio evolutivo. Es decir encontrar la hipótesis filogenética más parsimoniosa, más simple dado el número de transformaciones de los caracteres. Pero cómo se miden los cambios evolutivos bajo este método? Lo anterior depende del tipo de parsimonia y el tipo de datos. De acuerdo a lo anterior podemos describir tres tipos principales de parsimonia. Camin-Sokal parsimony (1965) en donde los caracteres usados son discretos y se permiten múltiples estados. Bajo este método se busca minimizar el número de cambios extra. Wagner parsimony (1969) acepta recodificación de caracteres multiestados arrojando una topología sin enraizar y asumiendo que de conocerse el ancestro este debería ser la raiz de la topología. Bajo éste método, que es en el cual se obtiene el menor n...

ENFOQUE GENERAL SOBRE PARSIMONIA Y SUS DIFERENTES MÉTODOS

Paulin Polanco Fontalvo La parsimonia es una estrategia de investigación ampliamente utilizada para analizar y explicar hipótesis desde un punto de vista más “sencillo”. Esta argumentación tiene bases históricas que van desde Copérnico, cuando sostuvo que la teoría heliocéntrica era superior a la geocéntrica dada su simplicidad, pasando por las de Darwin y Lamarck, hasta las investigaciones que se desarrollan hoy. Las ciencias biológicas no son ajenas en la aplicación de la parsimonia para explicar relaciones filogenéticas entre especies. Por esto, mediante la observación de parámetros tanto morfológicos como moleculares, diferentes autores han sugerido varios tipos de parsimonia de acuerdo a los tipos de caracteres evaluados. La argumentación Hennigiana aplicada por Hennig (1966), es un método manual que considera la información suministrada por los caracteres para la construcción de un cladograma (en cada uno de los casos) que permita seleccionar el cladograma que presente e...